Для Путина Пригожин - это человек со статусом расширенных возможностей, в рамках сложных условий работы с максимальным набором ресурсов.
Нестандартная единица с зеленым светом по всем направлениям (иначе невозможно оперативно решать серьёзные задачи в экстренных ситуациях в разных частях мира).
В качестве понимания дозволенного Прикожину, предлагаю взять кейс-трафарет в виде его конфликта с Путинским назначенцем Бегловым: то, что публично вытворял против питерского губернатора повар - простому человеку могло очень быстро и больно аукнуться.
Здесь же, как видим, Пригожин явно действовал в рамках дозволенного Путиным ("мои питерские ребята выясняют отношения").
Также вспомним историю изощренной казни вагнеровцами пленного сирийца, замятую на высоком государственном уровне РФ.
В рамках нынешней ситуации, Пригожину грозила какая-то опасность, возможно, в т.ч физического устранения.
И не от Шойгу, а от собирательного "Шойгу" (т.е всего набора ноунеймов-хищников, стоящих за спиной и рядом с министром обороны, которых, скорей всего, повар и имел ввиду, называя фамилию министра в качестве врага), задача быть бичом для которого была возложена на повара от начальника (в отсутствие работающих публичных институтов).
И Путин это явно знал
Пригожин начал "мятеж" с целью отбить атаку от себя и своей фирмы, а своих людей ("25 тыс чел") мобилизовал другой, более возвышенной идеей ("вышвырнуть паркетных генералов-предателей").
Вначале все выглядело так, что "нестандартный хищник" Пригожин привычно "решает нестандартными методами" свои проблемы.
Понимая к ночи пятницы, что месседж перфоманса не доходит до системы (какой-то нужный ему движок не запускается) - он решил еще серьёзней нарушить границы допустимого в своем перфомансе и здесь уже не мог не появиться Путин: и очно, перед телезрителями и в качестве арбитра в конфликте, вышедшем за рамки.
Ситуация начала выходить из-под контроля и Пригожина и Путина, становясь самодостаточным сценарием реального, а не постановочного показного бунта-инструмента-решения своих проблем.
Дальше, видимо, были получены гарантии от Путина и условного Совбеза